Flora Alcalde Núñez estaba afiliada a las Juventudes Socialistas Unificadas de Villamanín y al Socorro Rojo Internacional. Durante la Guerra Civil se quedó en su localidad de residencia, Villasimpliz, que quedó dentro de la retaguardia republicana, desempeñando labores de enfermería en el Hospital de Villamanín y colaborando con las autoridades republicanas en cuestiones de intendencia. Tras la caída del Frente Norte astur-leonés, fue sometida a un juicio sumarísmo tras ser interceptada una carta que iba dirigida a uno de sus hermanos. En ella mostraba su desafección a la Dictadura. Por ello fue condenada a catorce años, ocho meses y un día de prisión. Pasó por el campo de concentración de San Marcos, por la Prisión Provincial de León y por la Prisión de Mujeres de Astorga. En el año 1940 obtuvo la libertad condicional.

El 23 de noviembre de 1938 la Comisión Provincial de Incautación de Bienes de León incoó contra ella un expediente de responsabilidades civiles que quedó inconcluso por la entrada en vigor de la Ley de Responsabilidades Políticas de 1939. Esto permitió que el procedimiento fuera retomado por el Tribunal Regional de Responsabilidades Políticas de Valladolid que terminó decretando el sobresimiento del procedimiento.