Manuel Fernández Fernández fue sometido a un juicio sumarísimo en el que fue condenado a muerte por un supuesto delito de adhesión a la rebelión. El 14 de octubre de 1938 la Comisión Provincial de Incautación de Bienes de León  le incoó un expediente de responsabilidades civiles que quedó inconcluso. En 1939 pasó a la jurisdicción de responsabilidades políticas tras la promulgación de la Ley de ese mismo año.